Så konverterar du CNS-kartor till CCP4-format

CNS är en samling program utvecklade av ett konsortium av universitet. Programvaran används för att analysera och skapa kartor inom kristallografi och NMR inom det medicinska området. Ett annat program som utför samma uppgift är CCP4. Problemet är att dessa två program sparar sina filer med olika filändelser, vilket gör att kartorna inte är direkt kompatibla med varandra.

För att konvertera CNS-kartor till CCP4-format behöver du använda programmet MAPMAN från USF. Detta kräver att du kan använda kommandoraden för att mata in specifika kommandon. Följ stegen nedan för att genomföra konverteringen.

Instruktioner

Steg 1: Öppna MAPMAN och aktivera kommandoraden

Starta MAPMAN och välj alternativet "Command Line" i toppmenyn. Detta öppnar ett textbaserat gränssnitt där du kan skriva in kommandon direkt.

Steg 2: Läs in den första CNS-kartan

Skriv följande kommando på första raden:

"read m1 ${prefix}_1fofc.map CNS"

Ersätt "${prefix}" med bassökvägen och filnamnet för din CNS-karta. Tryck på "Enter" för att gå vidare till nästa rad.

Steg 3: Läs in ytterligare kartor

Ange nästa kommando:

"read m2 ${prefix}_2fofc.map CNS"

Här anger du bassökvägen och filnamnet för den andra kartan som ska konverteras. Tryck på "Enter" igen. Du kan lägga till så många kartor du vill konvertera genom att upprepa detta mönster.

Steg 4: Skriv ut kartorna i CCP4-format

Skriv följande kommando på nästa rad:

"write m1 ${prefix}_1fofc.map CCP4"

Ersätt "${prefix}" med bassökvägen och filnamnet där du vill spara din konverterade karta. Tryck på "Enter" och lägg till en ny rad på samma sätt för varje karta du konverterar.

Steg 5: Avsluta och verifiera resultatet

Skriv "quit" som sista rad och tryck på "Enter". Vänta tills programmet har kört klart och kontrollera sedan bassökvägen där du sparade dina konverterade kartor. Se till att de konverterade kartorna har sparats korrekt på denna plats. Öppna därefter de nya kartorna med CCP4 för att bekräfta att konverteringen lyckades.