Bensalkoniumklorid är en kvartär ammoniumförening, vilket betyder att den har en kväveatom med fyra alkylgrupper anslutna. Det är ett katjoniskt ytaktivt ämne, vilket betyder att det har en positiv laddning. Bensalkoniumklorid är en svag bas, med en pKa på cirka 12. Det betyder att den kan donera en proton till en starkare bas, men den kan inte ta emot en proton från en svagare syra.
