Sekventiell kromatinimmunoprecipitering, ofta förkortat SeqChIP, är en biologisk metod som syftar till att kartlägga hur två proteiner interagerar inom samma region av en DNA-sträng. Forskare följer en specifik, ordnad arbetsgång för att avslöja tre möjliga relationer mellan de undersökta proteinerna. Liksom de flesta vetenskapliga tester börjar proceduren med rengöring och avslutas med slutsatser. Enligt forskare vid Harvard kan tekniska framsteg inom SeqChIP-analys i framtiden göra det möjligt att studera biologiska fenomen på ett betydligt bredare plan.
SeqChIP-experiment kräver noggrann förberedelse för att sterilisera och rengöra de magnetiska pärlor som används i experimentet. Forskarna måste tvätta pärlorna flera gånger och behandla dem i en så kallad "block"-lösning. Därefter suspenderas pärlorna för torkning och tvättas på nytt. Vanligtvis låter man gå en dag efter den sista tvätten innan arbetet fortsätter till länkningssteget. Eftersom de DNA-strängar som ska undersökas varierar, varierar även detta förberedelsesteg i komplexitet. En grundläggande sanning gäller dock alltid: ju renare testet är, desto renare blir resultatet.
Forskarna väljer ut DNA–proteinkomplex, det vill säga områden i strängen, som ska berikas med en antikropp. I praktiken placeras proteinerna nära varandra så att deras interaktion kan observeras. När interaktionen har dokumenterats måste tvärtbindningen bekräftas i omvänd ordning. Relaterar proteinerna fortfarande till varandra när sekvensen vänds? SeqChIP-forskare menar att när båda proteinerna samexisterar vid analys i motsatt riktning ger detta övertygande belägg för fullständig sammanvaro (co-occupancy), och gör det möjligt att entydigt skilja mellan partiell sammanvaro och ingen sammanvaro alls.
Polymeraskedjereaktionen, eller PCR, är en DNA-amplifieringsprocess som kontrollerar DNA:s kvalitet, det vill säga dess renhet. PCR genomförs i tre steg. Först separeras strängarna genom att temperaturen höjs. Därefter förs de två mallsträngarna samman igen med hjälp av PCR-primers. Slutligen inkuberas DNA:t så att polymeraset förlänger primrarna och materialet under undersökningen förökas. Från detta steg går forskarna vidare till att analysera de framställda proverna.
Vid analysen undersöks DNA-strängarna för förekomst eller avsaknad av "sammanvaro", ett interaktivt förhållande mellan proteiner. Två proteiner som alltid associerar med samma DNA-fragment uppvisar fullständig sammanvaro. Ingen sammanvaro föreligger när proteinerna endast kan associeras i ömsesidigt uteslutande subpopulationer av DNA-strängen. Partiell sammanvaro innebär att vissa DNA-molekyler bär båda proteinerna, medan andra bär det ena eller det andra. Genom att kombinera enskilda SeqChIP-resultat kan forskare dra slutsatser som gäller en hel genomisk struktur, vilket gör metoden till ett kraftfullt verktyg inom modern molekylärbiologi.
Hälsa och Sjukdom © https://www.sjukdom.online