Magnetisk extraktion är inte alltid rätt metod för varje situation, men den har flera tydliga fördelar som gör den effektivare än äldre metoder som fenolextraktion. Fenolextraktion kräver upprepade centrifugeringssteg efter varje kemisk behandling och betydligt mer investerad tid. Magnetisk extraktion går snabbare eftersom den bygger på att specifika funktionella grupper binder till ytan på belagda magnetiska pärlor, som sedan enkelt kan separeras med en enkel magnet – vid behov i kombination med centrifugering.
Specifika uppsättningar av magnetiska pärlor används ofta för DNA-extraktion. Eftersom varje system – som ofta inkluderar en mekanisk processor för att spara arbetskraft – har sitt eget varumärke bör du endast använda pärlor som är utformade för just det systemet. Pärlornas storlek och beläggning kan påverka resultaten om de används i andra apparater, vilket minskar trovärdigheten i din forskning. Även specialtillverkade alternativ kan öka det experimentella felet och bör redovisas när resultat rapporteras, om extraktorn inte är avsedd att fungera med dina specifika pärlor.
System som använder olika pärltyper kan påverka resultaten. Henderson et al. drog slutsatsen att av de nio pärltyper som testades kunde endast Dynabeads® DNA DIRECT™ från Invitrogen™ fånga upp DNA med en geometriskt vriden struktur. Det innebär att de magnetiserade pärlorna endast behöll de större DNA-bitarna. Dessutom krävdes att DNA:t var fritt flytande i en lösning, vilket utesluter användning under vissa omständigheter.
Samtidigt innebär detta att produkten är ett utmärkt verktyg för att separera hög molekylvikt-DNA (de stora bitarna) från låg molekylvikt-DNA (nedbrutna, små eller sönderdelade bitar). Slutsatsen är att det alltid är upp till forskaren att avgöra hur produkternas specifika egenskaper bäst utnyttjas.
Denna relativt nya metod kan göra arbetet mer komplicerat ur logistiskt perspektiv, men de flesta studier som involverar magnetisk extraktion använder fortfarande fenol som kontroll och jämförelse. Resultaten visar dock typiskt en förbättring i hastighet och noggrannhet genom minskat experimentellt fel tack vare automatisering.
Dessutom lämpar sig den magnetiska metoden för reversibel immobilisering genom automatiserade processer, vilket kan förbättra effektiviteten i forskningsbudgeten genom att öka DNA-utbytet per körning.
Magnetiska pärlor finns i olika varianter. De kan beläggas med antikroppar som är specifikt utformade för en viss typ av protein, eller vara mer generella med beläggningar av aminer, karboxylgrupper eller andra lämpliga kemiska grupper. När den kemiska beläggningen på pärlan har bundit det aktuella ämnet kan de pärlbundna kemikalierna snabbt avlägsnas med hjälp av en enkel magnet.
Ja, storleken påverkar flera egenskaper, bland annat den tid som bör avsättas för bindning, eftersom den relativa ytarean ökar hos mindre pärlor. En annan fördel med mindre pärlor är att de bildar en bättre suspension, eftersom partiklarna är finare och lättare kan dispergeras i lösningen. Mikrostora pärlor är dock mycket större – ibland upp till 15 000 gånger större – än sina nanopärl-motsvarigheter, som å sin sida kostar betydligt mer.
Nackdelen med metoden är den betydande kostnaden för nanopärlor – 5 ml kan kosta över 400 dollar hos leverantörer. Mikrostora pärlor kan vara betydligt billigare, ungefär en tredjedel av priset, även om arbetet då går långsammare. Valet mellan storlek och budget blir därför en avvägning som måste göras utifrån projektets krav.
Magnetiska separatorer finns i utföranden som håller centrifugrör och möjliggör separation i många fulla rör samtidigt. Vissa modeller rymmer upp till 24 eller fler centrifugrör åt gången, medan andra endast tar två. I versioner med flera rör är magneten vanligtvis centralt placerad, antingen under eller intill rören.
Att kombinera rören med centrifugering är ofta meningsfullt på grund av pärlornas höga densitet, vilket kan underlätta och påskynda den magnetiska separationsprocessen. Mer information om lämpliga separatorer och tillbehör finns på nätet eller via din lokala laboratorieleverantör.
Hälsa och Sjukdom © https://www.sjukdom.online