Ursprunget till malaria är inte helt klart, men det tros ha sitt ursprung i Afrika söder om Sahara. Bevis på malariaparasiter har hittats i fossiliserade myggor som går tillbaka till miocen-epoken, för cirka 20 miljoner år sedan. Dessa fossiler upptäcktes i Dominikanska republiken och tyder på att malaria kan ha förekommit i Amerika innan människorna kom. Det exakta geografiska ursprunget för malaria är dock osäkert.
