Bakteriofager (fager) är 20–200 nm – under ljusmikroskopi upplösning. Visualisering kräver:
1. Elektronmikroskopi (EM)
- Transmissions EM (TEM): Interna struktur, kapsidsymmetri, svansmorfologi. Guldstandard.
- Skanning EM (SEM): 3D yttopologi.
- Kryo-EM: Nåra-atomisk upplösning utan färgning; Nobel 2017.
2. Förbättrad ljusmikroskopi
- Fluorescens: Fage märkt med fluorescerande färgämnen/proteiner (t.ex. GFP-fusionerad kapsid). Live imaging möjligt.
- Mörkfält / Fas-kontrast: Förbättrar kontrast för omärkta partiklar; begränsad upplösning.
3. Fage-display
- Peptid/protebibliotek fusionerat till kapsidprotein (pIII/pVIII) → fenotyp-genotyp koppling.
- Används för: Epitopkartläggning, ligandupptäckt, antikroppsdesign, riktad evolution.
4. Negativ färgning (TEM-förberedelse)
- Uranylacetat / fosfotungstinsyra → tungmetall omger fage → hög kontrast.
- Snabbt, rutine för morfologikontroll.
Metodval beror på fråga: struktur (kryo-EM), dynamik (fluorescens), binding (fage-display).
