När urin ståender utsatt för luft, sker sekventiella biokemiska och mikrobiella transformationer:
- Ureahydrolys: Bakteriell urease omvandlar urea → ammoniak (NH₃) + koldioxid (CO₂).
- Alkalinisering: Ammoniak höjer pH (från ~6 till >8), skiftar färg till mörkare gul/brun.
- Lukt: Ammoniaks skarpa doft intensifieras.
- Ammoniumsaltbildning: NH₃ kombineras med fosfater/karbonater → ammoniumsalter → dimma/trubbighet.
- Mikrobiell proliferation: Alkalisk, näringsrik miljö stödjer bakterier/svamper → putrefaktion.
- Pigmentförändringar: Vidare oxidation/reduktion ger gulbrun, röd, eller lila nyanser (indikan, urobiliner, bakteriella pigmenter).
Hastigheten beror på temperatur, fuktighet, initial löststoffkoncentration, och mikrobiell last. Kylning saktar ned förruttnelse för diagnostiskt provbevarande.