Så förbereder du ett prov för gelelektrofores – steg för steg

Elektroforetisk separation är en av de mest använda metoderna inom biokemin. Även om elektrofores i teorin kan utföras direkt i en lösning är det i praktiken betydligt enklare att använda ett bärande medium. De två vanligaste medierna är papper och gel.

Gelelektrofores är en teknik som används flitigt vid analyser av proteiner och nukleinsyror. Ett klassiskt exempel är DNA-analys. DNA är polyelektrolyter vars laddning är proportionell mot molekylens längd, vilket innebär att fragmenten kan separeras enbart utifrån sin storlek när en elektrisk ström leds genom gelen.

Det här behöver du

• Provlösning
• Standardlösning med känd molekylvikt
• Buffertlösning
• Gelmedium
• Spårfärg

Instruktioner

1. Förbered prov- och standardlösningar

Börja med att förbereda din provlösning samt en standardlösning med känd molekylvikt. Standardlösningen fungerar som referens och gör det möjligt att avgöra storleken på molekylerna i ditt okända prov när separationen är klar.

2. Gör en lämplig buffertlösning

Tillred en buffertlösning med ett pH-värde så nära provets egna pH som möjligt. Bufferten stabiliserar pH under hela körningen och säkerställer att molekylerna behåller rätt laddning, vilket är avgörande för en korrekt separation.

3. Förbered gelmediet

Framställ det bärande mediet, alltså gelen. Vanliga gelbildande material är polyakrylamid – en vattenlöslig, tvärbunden polymer – samt agaros, ett polysackarid som ofta används vid DNA-analys. Valet av medium beror på vilka molekyler som ska separeras och hur fin uppdelning du behöver.

4. Placera gelen mellan elektroderna

Placera gelen mellan elektrodkamrarna. Bestäm vilken sida som ska vara anod respektive katod beroende på vad som ska separeras: anjoner vandrar mot anoden, medan katjoner vandrar mot katoden.

5. Applicera proverna i brunnarna

Använd en pipett och droppa försiktigt en liten mängd av varje prov i de förgjorda brunnarna (notcher) i toppen av gelen. Arbeta noggrant så att proverna inte spiller över eller blandas med varandra.

6. Tillsätt glycerol och spårfärg

Mixa provet med glycerol och en vattenlöslig spårfärg innan applicering. Glycerolen gör provlösningen tätflytande så att den sjunker ner i brunnen istället för att spilla ut och blanda sig med bufferten i den övre elektrodkammaren. Spårfärgen gör dessutom att du kan följa migrationens framfart genom gelen under hela elektroforesen.