Pestläkare fick betalt för sina tjänster. De var vanligtvis anställda av den lokala regeringen eller en förmögen beskyddare. Beloppet de fick varierade beroende på platsen och hur allvarlig pestutbrottet var. I vissa fall fick pestläkare en fast lön, medan de i andra fick ett arvode för varje patient de träffade. Utöver sin lön eller arvoden fick pestläkare ofta andra förmåner, som gratis bostad, mat och kläder.
