Guanidin är inte ett vanligt föreskrivet läkemedel. Det har en begränsad användning vid behandling av myasthenia gravis, en sällsynt neuromuskulär sjukdom som kännetecknas av muskelsvaghet.
I sådana fall prövades guanidinhydroklorid tidigare vid myasthenia gravis, men har ersatts av annan mer effektiv terapi (till exempel:Mestinon).
