Enzymet som finns i magen och som hjälper till att smälta proteiner kallas pepsin. Pepsin utsöndras i form av pepsinogen, som är inaktivt, och aktiveras sedan i den sura miljön i magsäcken av saltsyra. Pepsin fungerar bäst i sura förhållanden och bryter ner proteiner till mindre peptidfragment, vilket förbereder dem för ytterligare nedbrytning av andra enzymer i tunntarmen.
