Orsaken till Raffaellos död är osäker, men man tror allmänt att han dog i feber. Han insjuknade 1520 efter en dags intensivt arbete i Vatikanen. Han dog den 6 april 1520, 37 år gammal. Vissa tror att han dog av utmattning, medan andra tror att han kan ha blivit förgiftad. Det finns inga definitiva bevis som stödjer någon av teorierna.
