Effekterna av epilepsi är främst neurologiska, eftersom det är en störning som påverkar hjärnan och dess elektriska aktivitet. Nervsystemet, som omfattar både hjärnan och ryggmärgen, är främst påverkat. Epilepsi kan orsaka anfall som resulterar i en störning av elektriska signaler i hjärnan, vilket leder till symtom som okontrollerade rörelser, medvetslöshet, förvirring, sensoriska störningar eller beteendeförändringar. Medan epilepsi främst påverkar hjärnans funktion, när det gäller kroppssystem, är det mestadels förknippat med det neurologiska systemet.
