Hand-, fot- och klövsjuka orsakas inte av bakterier utan av virus. Specifikt orsakas det av flera stammar av coxsackieviruset, som är en typ av enterovirus. Dessa virus kommer in i kroppen genom munnen eller luftvägarna och förökar sig sedan i mag-tarmkanalen och halsen. Infektionen sprids vanligtvis genom nära kontakt med någon som redan är infekterad, ofta genom kroppsvätskor som saliv eller vätska från blåsor på händer och fötter.
