Den viktigaste delen av matsmältningssystemet är tunntarmen. Tunntarmen är en lång, lindad slang som går från magen till tjocktarmen. Det är där det mesta av matsmältningen och upptaget av näringsämnen sker. Tunntarmen är kantad med små villi, som är fingerliknande utsprång som hjälper till att öka ytan för absorption. Tunntarmen utsöndrar också enzymer som bryter ner kolhydrater, proteiner och fetter till mindre molekyler som kan tas upp. Tunntarmen är också ansvarig för absorptionen av vatten och elektrolyter.
