Vad är CytopathCV?
CytopathCV är en öppen källkod, modulär programvaruplattform designad för cytologisk bildigenkänning och analys med djupinlärning. Den ger en end-to-end-pipeline skräddarsydd för de unika utmaningarna inom digital cytopatologi.
Kärnkapaciteter
- Datahantering & annotering: Importera, organisera och märka hela-bildbilder (WSI) och intresseområden (ROI) med kollaborativa verktyg.
- Förbehandling & augmentering: Tegling, normalisering (färg, färg), artefaktborttagning och augmenteringspipelines (rotation, flip, elastisk deformation) för att öka modellens robusthet.
- Modellträning, validering, distribution: Stöder anpassade arkitekturer (CNN, transformers, hybrid), transferinlärning från ImageNet eller patologi-grundmodeller, hyperparameterjustering och ONNX/TensorRT-export för klinisk inferens.
- Utvärdering & visualisering: Mått (AUC, F1, konfusionsmatriser), uppmärksamhets-heatmaps, osäkerhetskvantifiering och bildnivå-prediktionsoverlay.
Designfilosofi
Flexibilitet och reproducerbarhet. Forskare kan byta komponenter (dataladdare, förlustfunktioner, backbone) utan att skriva om hela arbetsflödet. Konfigurationsdrivet (YAML) experiment möjliggör versionskontrollerade, delbara pipelines.
Applikationer
- Cervikal cytologi (Pap smear) screening triage
- Schildkörtel FNA (Bethesda-klassificering)
- Urin, effusion och bronkial cytologi
- Domänanpassning över skannrar, färgningsmetoder och institutioner
CytopathCV syftar till att accelerera reproducerbar AI-forskning inom cytopatologi och sänka barriärer för klinisk översättning.
