Gelelektrofores är en metod för att separera DNA-fragment efter storlek. Genom att tillsätta spårningsfärg till varje DNA-prov blir provet synligt och du kan enkelt följa hur fragmenten vandrar genom gelen under experimentets gång.
För att separera DNA-fragment – antingen för att mäta deras storlek eller för att isolera ett särskilt fragment – placerar forskare DNA i en agarosgel som ligger nedsänkt i en buffertlösning genom vilken elektrisk ström leds. Strömmen driver DNA-fragmenten genom gelen, och eftersom gelen är porös tar sig de mindre fragmenten fram snabbare. Under samma tid vandrar därför små fragment längre än stora fragment.
DNA är färglöst när det är upplöst i en vätska, till exempel i ett provrör. För att göra provet lättare att se – både i röret och i gelen – tillsätter man en färgad spårningsfärg till provet. Färgen påverkar inte DNA:t varken struktur eller migration.
Den vanligaste spårningsfärgen är bromfenolblått i en 50-procentig glycerollösning. Bromfenolblått färgar provet klart blått, vilket gör det enkelt att följa dess vandring genom gelen. När spårningsfärgens front har nått ungefär tre fjärdedelar av gelens längd är det dags att stänga av den elektriska strömmen – då vet man att DNA-fragmenten fortfarande finns kvar i gelen och inte har vandrat ut i bufferten.
Spårningsfärgen är tämligen tung på grund av sitt höga innehåll av glycerol. Det gör att DNA-proven sjunker ner i gelens laddningsbrunnar i stället för att flyta ut i buffertlösningen ovanför gelen. Utan denna tyngd skulle det vara betydligt svårare att ladda proven korrekt.
Bromfenolblått vandrar genom en agarosgel i ungefär samma hastighet som en DNA-sträng med omkring 300 baspar. Vill du i stället följa större DNA-strängar kan du använda en spårningsfärg som innehåller xylenkyanol, som migrerar i ungefär samma takt som en DNA-sträng med cirka 4 000 baspar. Genom att välja rätt färg får du en bättre uppskattning av hur långt dina DNA-fragment har vandrat under elektroforesen.
Hälsa och Sjukdom © https://www.sjukdom.online