Slutprodukterna av proteinnedbrytning är aminosyror. Proteiner är stora molekyler som består av kedjor av aminosyror. Under matsmältningen bryts dessa proteiner ner till mindre och mindre peptider av enzymer som pepsin, trypsin och chymotrypsin. Dessa peptider bryts sedan ytterligare ned till individuella aminosyror av enzymer såsom karboxipeptidaser och aminopeptidaser. Dessa aminosyror absorberas sedan i blodomloppet och kan användas för att syntetisera nya proteiner eller andra molekyler, eller så kan de brytas ner ytterligare för att producera energi.
