Även om CT-hjärnskanningar inte rutinmässigt används för att diagnostisera migrän, kan de vara till hjälp för att utesluta andra potentiella orsaker till huvudvärk, som t.ex. blödning, tumörer eller andra strukturella avvikelser. I vissa situationer kan en datortomografi av hjärnan beställas om migränsymtomen är svåra eller atypiska, om det finns nya eller progressiva neurologiska symtom eller om det finns oro för potentiella underliggande strukturella abnormiteter. Dessutom kan datortomografi av hjärnan vara användbar för att utvärdera komplikationer av migrän, såsom cerebral venös trombos eller posteriort reversibelt encefalopatisyndrom (PRES).
