Forskare använder alkalisk lysning för att extrahera plasmid-DNA från bakterier till användning i genetiska experiment. Plasmider är små, cirkulära DNA-molekyler som bär på en begränsad mängd genetisk kod och som kan studeras separat från bakteriernas egen arvsmassa.
Protokollet för alkalisk lysning består av en serie lösningar som tillsätts ett bakteriepellet innehållande plasmid-DNA. Den höga alkaliniteten får cellerna att spricka och sönderfalla. Fördelen med metoden är att den skyddar plasmid-DNA:t samtidigt som den förstör det genomiska DNA:t och denaturerar cellproteinerna – resultatet blir ett relativt rent prov som är redo för vidare analys.
Begreppet "alkalisk" syftar på de två huvudkemikalier som används för att lysa upp enskilda celler. Natriumdodecylsulfat (SDS) är ett detergent som destabiliserar cellen genom att bilda hål i cellmembranet. Natriumhydroxid (NaOH) bidrar dessutom till att bryta ner cellväggen, vilket gör att cellen sönderdelas och släpper ut sitt genetiska material i lösningen.
En ytterligare egenskap hos NaOH i protokollet är att den bryter vätebindningarna mellan DNA:s baspar. Detta denaturerar både det genomiska DNA:t och plasmid-DNA:t till enkelsträngar. När kaliumacetat sedan tillsätts neutraliseras alkaliniteten, och det lilla plasmid-DNA:t kan återfaldas och förbli löst i lösningen. Det genomiska DNA:t är däremot för långt för att kunna återfaldas i sin helhet. Tillsammans med de denaturerade proteinerna fälls det ut vid centrifugering, vilket lämnar plasmid-DNA kvar i den klara supernatanten.
Alkalisk lysning är en snabb, effektiv och kostnadseffektiv metod som har blivit en standardprocedur inom molekylärbiologin. Genom att utnyttja skillnaden i storlek mellan plasmid-DNA och kromosomalt DNA möjliggör tekniken renframställning av plasmider som sedan kan användas för kloning, sekvensering och transformation.
Hälsa och Sjukdom © https://www.sjukdom.online