ABPA följer vanligtvis ett kroniskt, återfallande förlopp med omväxlande perioder av exacerbationer och remissioner. Prognosen för patienter med ABPA är generellt sett gynnsam. Majoriteten av patienterna svarar bra på behandling med systemiska kortikosteroider och kan uppnå långvarig remission. Vissa patienter kan dock uppleva återkommande exacerbationer eller utveckla kroniska lungskador, vilket leder till en försämring av lungfunktionen över tiden. I sällsynta fall kan ABPA utvecklas till lungsjukdom i slutstadiet och andningssvikt, vilket kräver lungtransplantation.
