Den stora branden i London hade faktiskt en negativ inverkan på pesten. Branden förstörde många av de infekterade byggnaderna och dödade många av de infekterade människorna, men den skapade också idealiska förutsättningar för pesten att sprida sig. De hemlösa överlevande från branden tvingades leva under överfulla och ohälsosamma förhållanden, vilket gjorde dem mer mottagliga för sjukdomen. Dessutom störde branden stadens infrastruktur, vilket gjorde det svårt att distribuera mat och vatten och att kontrollera spridningen av sjukdomen. Som ett resultat fortsatte pesten att sprida sig i London i flera månader efter branden.
