Termen för matsmältning i frånvaro av syre är anaerob matsmältning. Denna process sker i vissa mikroorganismer, såsom bakterier och arkéer, som kan bryta ner organiskt material utan närvaro av syre. Anaerob rötning används vanligtvis i avloppsreningsverk och biogasproduktionsanläggningar för att omvandla organiskt avfall till biogas, en blandning av metan och koldioxid, som kan användas som en förnybar energikälla.
