De flesta biverkningar av H1N1-vaccinet är milda, såsom ömhet, rodnad eller svullnad på injektionsstället, lätt feber, huvudvärk, muskelvärk, trötthet och illamående. Dessa varar vanligtvis i några dagar. Allvarligare biverkningar, såsom Guillain-Barrés syndrom, är mycket sällsynta.
