Tjocktarmen (kolon) är värd för ett stort, mångfaldigt ekosystem av mikroorganismer – tarmmikrobiotan (tidigare "tarmflora"). Detta samfund inkluderar bakterier, archaea, virus, svampar och protister, som tillsammans kodar för miljoner gener som påverkar mänsklig hälsa djupt.
Bakterier (Dominerande domän)
- Firmicutes: Dominerande fylum; inkluderar gynnsamma Lactobacillus, Ruminococcus, Faecalibacterium prausnitzii (butyratproducent) och Clostridium-kluster
- Bacteroidetes: Stort fylum specialiserat på nedbrytning och fermentering av komplexa polysackarider
- Proteobacteria: Mångsidiga; inkluderar kommensaler och potentiella patobionter (Escherichia coli, Klebsiella)
- Actinobacteria: Inkluderar Bifidobacterium (probiotisk, tidig kolonisator) och Collinsella
- Verrucomicrobia: Akkermansia muciniphila — mucin nedbrytare, associerad med metabolisk hälsa
Archaea
- Metanogener (Methanobrevibacter smithii): Producerar metan från väte och CO₂; påverkar tarmtransit och energiuppskörd
Virus
- Bakteriofager: Infekterar och replikerar inom bakterier; formulerar bakteriepopulationer, driver horisontell genöverföring, upprätthåller mikrobiell balans
Svampar (Mykobiom)
- Jäst: Saccharomyces cerevisiae (gynnsam i moderation); Candida arter (oportunistiska, kan överväxa)
Protister
- Protozoer: Blastocystis (vanlig, debatterad patogenicitet), Entamoeba, Giardia (patogena)
Viktig insikt: En mångfaldig, balanserad mikrobiota stöder matsmältning, näringssyntes (vitamin K, B12, folat), immunutbildning, kolonisationsresistens mot patogener och tarm-hjärna signalering. Dysbios (obalans) kopplas till IBS, IBD, fetma, diabetes, neurodegenerativa sjukdomar och mer. Kost är den primära modulatorn – fibermångfald driver mikrobiell mångfald.
