När B-lymfocyter finns kvar i matsmältningskanalen kan de differentiera till plasmaceller, som producerar antikroppar. Dessa antikroppar kan binda till antigener i matsmältningskanalen, såsom de som finns på bakterier eller matpartiklar. Denna bindning kan leda till aktivering av immunsystemet, vilket resulterar i inflammation och skador på matsmältningskanalen. Detta tillstånd är känt som inflammatorisk tarmsjukdom (IBD).
