Kemisk nedbrytning, nedbrytning av mat av enzymer, börjar i munhålan med verkan av salivamylas på stärkelse. När maten väl når magsäcken möter den magsaft, som innehåller saltsyra och enzymet pepsin. Saltsyran skapar en sur miljö som dödar mikroorganismer och denaturerar proteiner, vilket gör dem mer mottagliga för enzymatisk nedbrytning. Pepsin, ett asparaginsyraproteas, initierar proteinnedbrytning genom att bryta ner proteiner till mindre peptider.
