Proteaser hydrolysar peptidbindningar för att frigöra aminoyror. Viktiga matsmältningsproteaser:
- Pepsin – Magen; aktiv vid pH 1–2; aspartylproteas; klyver aromatiska/dikarboxylsyra-bindningar.
- Trypsin & Kymotrypsin – Pankreas serinproteaser; trypsin klyver efter Lys/Arg; kymotrypsin efter Phe/Trp/Tyr.
- Elastas – Pankreas; riktar mot små icke-polära rester (Ala, Gly, Ser, Thr); bryter ner elastin.
- Karboxypeptidas A & B – Exopeptidaser; frigör C-terminala aromatiska/hydrofoba (A) eller basiska (B) aminoyror.
- Mikrobiella proteaser – Svamp (Aspergillus, Rhizopus) och bakterier (Bacillus, Lactobacillus) används i fermentering (ost, sojasås, köttmjukgörare).
Sekventiell verkan ger upptagningsbara aminoyror och peptider.