Alla antigener är inte immunogener. Ett immunogen är ett antigen som kan stimulera ett immunsvar, medan ett antigen är vilket ämne som helst som känns igen av immunsystemet. Vissa antigener är inte immunogena, antingen för att de inte kan bearbetas av immunsystemet eller för att de inte innehåller de nödvändiga molekylära strukturerna för att utlösa ett immunsvar. Till exempel är vissa polysackarider antigener men är inte immunogena, medan vissa proteiner är både antigener och immunogener.
