Pepsin är ett enzym som produceras av huvudcellerna i magen och är aktivt i magen. Det fungerar bäst i den sura miljön i magen, som har ett pH på runt 1,5 till 2,0. Pepsin bryter ner proteiner till mindre peptider och är särskilt effektivt för att smälta kollagen, ett protein som finns i bindväv. Saltsyran som produceras av parietalcellerna i magen hjälper till att skapa den sura miljö som krävs för att pepsin ska fungera effektivt. Pepsin är inaktivt vid högre pH-nivåer, som de som finns i tunntarmen, och dess aktivitet är därför begränsad till magen.
