Pepsinet som kommer in i tunntarmen inaktiveras av tunntarmens alkaliska pH. Pepsin är ett surt proteas som fungerar optimalt i den sura miljön i magen. När den kommer in i tunntarmen, som har ett pH på runt 8, tappar den sin aktivitet och kan inte längre bryta ner proteiner. Bukspottkörteln utsöndrar även bikarbonatjoner i tunntarmen, vilket ytterligare hjälper till att neutralisera den sura chymen och skapa en miljö som är mer lämpad för de andra matsmältningsenzymer, såsom pankreasproteaser och lipaser.
